宗喀巴（1357—1419年）全盘继承了噶当派的阿底峡的中观思想——也就是月称的伪中观、断见的“应成派中观”。他鉴于当时密宗僧侣生活公开放荡淫乱不堪，害怕如此张狂的双身淫乱遭世人唾弃，从而会使密教过早消亡，他以噶当派教义为蓝本，加上自己的见解，倡导密宗戒律，对噶当派进行改革，要求僧侣不分显密都要遵守清修（可用手淫观想来代替异性身体）的规则，表面上禁止双修，独身不娶，这只是针对下层僧侣，障人耳目，只让按他提出的修行次第修行到符合双修条件者去修，由显入密，最终进入双修，而且第三灌顶双修的明妃要求有年轻美丽的十二岁至二十岁的处女9位，比其他门派更多，要求更严格，质量更高，他修订的藏密戒律更严格地明确要求双修者经年累月，每天保持行淫状态的时间不能少于8个时辰，否则破戒，故黄教双修以地位层次较高的喇嘛活佛为多，当然包括达赖班禅等，双修范围缩小，更加隐蔽，世人因此评价他“开创了一代宗风”，博得显宗许多大法师和世间的认同。

在宗喀巴所著的《密宗道次第广论》里有诸多密宗双身的细节论述，他以种种暗语详细解说男女双身灌顶修法等，绘声绘色。《菩提道次第广论》的后半部所说止与观，也都是这种男女双身修法。所以他实质是提倡双修，而且把双修当作最高佛法即身成佛的法门，完全继承了密宗的应成派中观邪见理论和性力派双修的行门，只是要求密教双修隐蔽起来，是藏密门派中组织最完善、双修戒律次第最系统和隐蔽的宗派，主要教义行门来自噶当派，又因此格鲁派也被称为“新噶当派”。

此后宗喀巴的各大弟子纷纷在各地建寺弘法，两大弟子为达玛仁钦（1364—1342年）和克主杰（1385—1438年），均极力宣扬宗喀巴显、密、戒等诸论，号称“师徒三尊”。克主杰后被追认为一世班禅，宗喀巴最年轻的弟子之一根敦朱巴也被追认为一世达赖。克主杰著《宗喀巴传》、《续部总论等》，达玛仁钦著的《能显解脱道论》为格鲁派的必修课本。1204年藏传“佛教”密宗自创“活佛”转世制度，黄教“活佛”转世制度是从1547年三世达赖（1543—1588年）开始的，班禅从1570年四世班禅（1567—1662年）开始的。“活佛”转世制度是藏密各派系为巩固其宗教和世间地位而自创的自欺欺人的把戏，是意识形态中权力斗争的产物，历届中央政府也是处于政治的需要册封大大小小的“活佛”，代以统治西藏和蒙古、青海等边疆地区，乃是以愚制愚，以夷治夷的政治手段。

到五世达赖（1617—1682年）时代，他借蒙古和青海的兵力夺取噶举派掌握的西藏政权，利用中央政府，逐步演变成西藏历史上最残酷的政教合一统治。在这期间，各教派为了能够增长自己在世俗上与宗教界的势力，莫不极端地扩大自宗自派领导人的个人声望与领袖魅力，极力实行造神运动，藉以招揽群众的支持。因此，就在这样的情况下，各教派之间，莫不大量地进行夸大渲染故事、神化人格与制造假经典的工作，目的只为了要能够压倒他派，让自己的宗派能够夺取世间的权力与财富，与帝王国主争夺世间资财，这就是西藏密宗种种密续和“活佛”崇拜的由来。

这就是西藏密宗的发家史，那些破坏佛教正法的领袖人物“活佛”喇嘛们堕地狱都来不及，怎可以“活着的佛”到处转世投胎呢？只是藏人太愚，又地处蛮荒边地，福德实在太差，缺少人文教化，才被这些精神鸦片一代代地麻醉、洗脑，造成全民信奉如此邪教，极度膜拜，自觉接受精神和肉体的双重奴役。而最让人感叹的倒是汉地众多的显宗大师名士，他们也匍匐在活佛喇嘛们脚下，不知是双身淫乐的吸引，还是即身成佛理论的召唤，也许二者兼而有之，或者另有原因，这太令人不可思议了，在淫乐中“成佛”，两不相误，天下有这等“好事”？难怪前赴后继，绵绵一千多年。真真末法啊！