阿底峡的三大是仲敦巴•杰卫炯乃、库敦尊追雍中、俄•勒比喜饶。仲敦巴•杰卫炯乃，公元1005年生于堆垅（今堆隆德庆县），卒于1064年。1045年随阿底峡学法，阿底峡死后，仲敦巴去热振地区传法（今林周县），在那里建造了热振寺，并以热振寺为根本道场创建了噶当派。仲敦巴的中，有名的是博德瓦，京俄瓦、普穹瓦三人。仲敦巴死后，这三个各自传法，噶当派由此分列为教典派、教授派、教诫派。十五世纪初，宗喀巴依噶当派教义创立格鲁派（俗称黄教），因此格鲁派亦称“新噶当派”，噶当派遂并入格鲁派。
宁玛——“古旧”的意思，据说是前弘期的莲花生、无垢友所授，起初大多是一批在家人父子相传。相对于后弘期出现的藏密新教派来说，宁玛派属于旧派。其实宁玛派真正形成为一个教派，也是在后弘期，是由素•释迦炯乃创立的。素•释迦炯乃，公元1002年出生在邬巴隆（西藏南木林境内），卒于1062年。素•释迦炯乃将前弘期的一些密法经咒加以整理，并建造了邬巴隆寺传法，于是形成宁玛派。因该派僧人头戴红帽，俗称为“红教”。
宁玛派把整个“佛法”割裂为九乘，其中显教三乘、密教六乘——外密三乘、内密三乘。宁玛派的主张“心有真心和妄心”“真心之体，本性清净，自性元成”。真心即是法身（如来藏心），妄心即是意识心。这一点和汉地的禅宗是一致的，无疑也是正确的。可是在如何具体开悟实证真心的时候，和禅宗却有本质的不同：禅宗是以妄心（意识心）参禅开悟证得真心——本自清静的如来藏心，大的修法（悟）却是刻意让妄心（意识心）面对外境的时候处于无分别、无住、不执着、不造作的状态，以为这时候妄心就是真心（如来藏心），禅宗所悟的如来藏心，不论妄心（意识心）分别还是不分别，执着还是不执着，如来藏心从来都是清静无染的，故禅宗和宁玛派的相差何止十万八千里！
宁玛派僧人往往重密轻显，一般僧人也无正规的学经制度，他们既从事劳动，也娶妻生子。这使得宁玛派的组织很松散，始终没有形成为一个强大的寺院集团势力。宁玛派的经典有一部分是地下挖掘出来的“伏藏”，多是自埋自挖的伪书，而依赖家族传承的密法中又掺杂了不少苯教的东西，故宁玛派多为藏密教派所轻视。
宁玛派和一直没有什么联系，仅在元代，宁玛派僧人释迦沃把一部挖掘出来的“伏藏”经典献给元世祖忽必烈，忽必烈封给他一个“拔希”(法师)的称号。宁玛派组织松散，没有权势，反而因祸得福，在藏密的教派倾轧中也没有遭受过多的伤害。因为宁玛派比较“安分守己”，故在十七世纪得到了五世达赖喇嘛的大力支持，宁玛派在前藏的两个著名寺院敏珠林寺、多吉札寺才有了显着的扩展。
公元1073年，吐蕃昆氏家族的贡却杰波在后藏萨迦地区建造萨迦寺收徒传法，并以萨迦寺为主寺，形成萨迦派。萨迦派的教法在藏密各派中最为繁杂，主要集中在《道果教授》中。萨迦派同样也认为显教低劣，密宗殊胜，萨迦派所传密法的不共之见，即由灌顶和修生圆二次第，以“一切见中最高之见——乐空双运（男女双修）”，“引生乐空俱生智”，拔无明种子之毒，以此来即身成佛。这当然也是邪见。
该派寺院围墙涂有红、白、黑三色花条，故又称为“花教”。贡却杰波，也译为“衮却杰布”，生于公元1034年，卒于1102年，是吐蕃贵族昆氏的后裔。年长后随卓弥•释迦耶协修学金刚道果法，也曾随阿底峡的桂•枯巴拉学过法。
萨迦派多在家修行，又可娶妻生子，传宗接代，因此教主由昆氏家族世代相承。贡却杰波是萨迦派的创始人，他死后传法位给长子萨钦，萨钦住持萨迦寺四十八年，经过他的经营，萨迦派终于成为藏密著名宗派，因此萨钦被尊为萨迦派第一祖。萨钦有四子，长子早夭，次子锁南孜摩为萨迦第二祖，三子扎巴坚赞为第三祖，四子白钦沃布。三祖扎巴坚赞死后，由弟弟白钦沃布的儿子衮噶坚赞继承法位，为萨迦第四祖。衮噶坚赞出家后博学密法，被尊称萨迦班智达（班智达，印度语指精通五明的人）。萨迦班智达的弟弟桑查•索南坚赞善于经营，此时萨迦派的势力又增强了很多。萨迦班智达死后，其弟索南坚赞的长子八思巴继承法位，为萨迦第五祖。八思巴依靠元朝皇帝忽必烈的支持，建立了西藏政教合一的地方政权。
萨迦教派在元明两朝极盛，寺庙遍于前后藏及蒙古、汉地，以后逐渐衰微，现在唯余德格等地的少数寺庙，由鄂寺派堪布相继住持。
噶举派创立时间稍晚一些，因为该派喇嘛身穿白裙，故俗称白教。噶举派的创始人是玛尔巴译师，本名却季罗朱，生于公元1012年，卒于1097年。曾经随卓弥•释迦耶协学过密法，因为卓弥索要很多的黄金才肯传法，甚至超过直接去印度学法所需的黄金数量，故玛尔巴放弃和卓弥学法，直接去了印度。玛尔巴在印度随谛洛巴、那若巴、耶协宁布等密宗上师学了很多密法，主要是大手印和那若六法。玛尔巴学成回藏后，在洛扎卓窝垅地方，一边从事种田、经商，一边收徒传法。他的中最有名的便是米拉日巴。
公元1040年，米拉日巴生于阿里的贡塘。父早死，受叔父欺凌，年长后学会咒术并以咒术杀死仇家多人。日后深悔自己的所作所为，便想依玛尔巴学法。起初，玛尔巴见米拉日巴没有黄金供养，便不肯传法，故多次刁难他，后见他心诚，才答应收为。米拉日巴所学的密法主要是拙火定。米拉日巴卒于公元1123年。噶举派在玛尔巴、米拉日巴时代还算不上是一个教派。直到公元1121年，米拉日巴的达布拉吉在达布地方建造岗布寺，传法收徒，噶举派才成为藏密的一个宗派，并迅速发展起来。达布拉结的很多，其中噶玛巴、蔡巴、鲍绒、帕竹等四人又分别在康藏建寺，形成噶举派的四个支系，其中帕竹噶举一系又分出八个小系，总称为噶举的四系八支。噶举派四系八支中影响比较大者，略说如下：
噶玛噶举派的创始人是噶玛•都松勤巴，都松勤巴生于公元1110年，卒于1193年。1147年，都松勤巴在昌都类伍齐建噶玛拉顶寺为其驻锡地，后又在前藏建楚浦寺，收徒传法，逐渐形成噶玛噶举派。
都松勤巴的桑结热钦，桑结热钦有邦扎巴，邦扎巴有噶玛拔希。公元1204年，噶玛拔希生于康区的哲垅，哉波务家族。年长后随都松勤巴的再传邦扎巴学习密法。据说噶玛拔希神通广大，神通之大仅次于教主莲花生。公元1253年元朝忽必烈南征云南大理时经过康区，召见了噶玛拔希，并要他随侍左右，遭到拒绝。公元1256年，蒙古大汗蒙哥召见噶玛拔希，赐给他一顶金边黑色僧帽及一颗金印，于是噶玛拔希这一系就称为黑帽系。公元1259年，蒙哥死，1260年忽必烈在开平自称大汉，忽必烈最小的弟弟阿里不哥在和林也自称大汉，于是兄弟之间展开了争夺蒙古大汉的斗争。经过了一年的战争，阿里不哥兵败，忽必烈登上了大汉之位。噶玛拔希因以前不肯追随忽必烈，在争夺汉位的斗争中又有帮助阿里不哥的嫌疑，被忽必烈投入监狱，后来又被流放到盖乌曲地方，直到公元1264年，才获释。噶玛拔希回到西藏，卒于1283年。据说噶玛拔希在死前声称要转世。公元1284年，让炯多吉在后藏的贡塘出生，被认定是噶玛拔希转世再来，5岁时他被迎请到噶举派主寺楚布寺。于是噶玛噶举派追认都松勤巴为一世、噶玛拔希为二世，让炯多吉便是第三世“活佛”，由此开创了藏密“活佛”转世传统。公元1332年，让炯多吉奉召进京，为元朝皇帝元宁宗和皇后灌顶。
第三世噶玛噶举派黑帽系活佛第让炯多吉的——扎巴僧格曾被元朝封为国师，并赐红帽。扎巴僧格死后也开始“转世”，由此开创了噶玛噶举派的第二个“活佛”转世系统，称为红帽系。
帕竹噶举派是达布拉吉的帕木竹巴•多吉杰波创立的。多吉杰波于公元1110年，出生在康区金沙江流域的哲垅乃学，曾和多位藏密上师学法，1152年成为达布拉吉的，四十九岁时在帕木竹地方（今桑日县境内）建丹萨替寺，形成帕竹噶举派。多吉杰波卒于1170年。帕竹噶举派后来为——止贡、达隆、主巴、亚桑、超普、修赛、叶巴、玛仓等八个支派。公元1354年，帕竹噶举派的绛曲坚赞击败了西藏执政教派萨迦派，建立了帕竹噶举派政权，统治西藏两百六十余年。
噶举派所传的法，主要是“那若六法”和“大手印”。大手印的原理和宁玛派的大类似。噶举派在公元十六世纪和黄教格鲁派斗争中失败以后，大部分寺院被黄教吞并，迅速的衰落下去，只有噶玛噶举派还有一些声势。黑帽系的“大宝法王”至今已传了17世。
据藏文史料《土观宗派源流》《青史》等记载：公元十二世纪时，裕莫（今后藏乌郁境内）人木居多吉依据第三转的唯识经典《如来藏经》所说“一切众生皆本具相好庄严之佛身，名如来藏。”于是生起胜义本有之“他空见”。木居多吉将“他空见”暗传给儿子达麦夏若，达麦夏若传南喀沃色，南喀沃色传色莫齐瓦，色莫齐瓦传降萨•协饶沃色，协饶沃色传衮邦•吐吉尊追。
衮邦•吐吉尊追生于公元1243年，卒于1313年。他在拉堆绛（今西藏日喀则定日县境内）地区首领的支持下，建造了觉囊寺，公开宏传他空见，形成觉囊派。其后，吐吉尊追传绛森•杰瓦耶协，杰瓦耶协传克准•云丹嘉措，克准•云丹嘉措传笃补巴。
笃补巴，本名协饶坚赞，于公元1292年生于笃补（今在西藏阿里境内）。笃补巴年轻时在萨迦寺讲显教四大论引起了萨迦派的不满，后来游学卫藏各大寺院，参加辩论并屡屡获胜，于是声名大振。三十一岁时往觉囊寺依止云丹嘉措修学他空见，三十五岁时则继任觉囊寺座主。着有《了义海论》、《第四结集论》阐发他空见之要义，一时觉囊之名，更为显着。笃补巴任觉囊寺寺主三十余年，卒于1361年。
笃补巴得法巧勒南杰，生于公元1306年，卒于1386年。初不满他空见，来觉囊寺与笃补巴辩论，笃补巴广引显密经教，详为解说，大为折服，便成为笃补巴。巧勒南杰传聂温衮噶白，聂温衮噶白传绛央•衮却桑布，衮却桑布传南喀却龚，南喀却龚传多罗那拔陀罗译师，多罗那拔陀罗传衮噶卓却，衮噶卓却传堪钦•隆日嘉措，隆日嘉措以后由多罗那他继任觉囊寺法台。
多罗那他，公元1575年生于卫藏交界处的喀热琼尊，幼年在觉囊寺学经，三十岁时受比丘戒。多罗那他是觉囊派中最有学识的人，著作丰富，广泛宣讲他空见。当时多罗那他得到了卫藏地方首领藏巴汗的支持者，公元1614年多罗那他建造丹当却林寺（今日喀则彭措林县），寺庙极为庄严，造像修塔亦精美绝伦，成为全藏之冠。多罗那他宣讲他空见，吸引了不少信众，盛极一时。当时格鲁派与噶玛噶举派争夺权力的斗争非常激烈，不久，噶玛噶举派失利，噶玛噶举派所支持的第悉藏巴也随之垮台，多罗那他离开西藏，前往蒙古传法。因为觉囊派的教义和格鲁派完全对立，故痛恨觉囊派的五世达赖利用手中的权力，没收了觉囊派的主寺达丹当却林寺的财产和属民，并更名为格丹彭措林寺，寺中宣扬他空见的经籍印版大多被封禁销毁，仅留下多罗那他所著的一部历史的著作《印度佛教史》。随后卫藏处的觉囊寺庙亦迫改宗黄教，寺里的僧人也被强迫放弃他空见，改为宣扬格鲁派的应成派中观见，从此卫藏地区觉囊一派几乎绝迹。
多罗那他到古后，在库伦（今乌兰巴托）一带传法约二十年，得到喀尔喀部汗王的信奉和支持，尊称他为哲布尊丹巴，他在古建立了不少寺院。公元1634年多罗那它去世，恰好1635年喀尔喀部土谢图汗的王妃生了一个儿子，被认定是多罗那他转世再来，这就是哲布尊丹巴一世。1649年哲布尊丹巴一世进藏学经，当他学业结束准备返回古时，五世达赖已经掌握了西藏地区的宗教大权，便勒令哲布尊丹巴一世改奉黄教，否则不承认他的“活佛”身份和他在古的宗教地位。迫于五世达赖的权势，哲布尊丹巴一世只好接受了这些条件。于是五世达赖封给他“喏布单丹巴呼图克图”的尊号，随后古地区觉囊派寺院普遍地改信了黄教。
觉囊派所传显教的教义，以《解深密经》为依据，判世尊一生说法共三转——初转为小乘人说四圣谛，二转说大乘的毕竟空，三转说唯识诸经。同时依据《解深密经》判第三转的唯识诸经为了义经典。觉囊派依据《如来藏经》、《鼓经》、《央掘魔罗经》、《胜鬘经》、《密严经》、《大般涅槃经》、《楞伽经》等究竟了义经典，阐释一切众生皆有如来藏，如来藏胜义实有，自性不空，如来藏所生之五蕴是空（他空），故名他空见。觉囊派所传播的法义是藏密各派中唯一合乎佛教经义的宗派。觉囊派所传的密法是“时轮六支”。据说这是觉囊派在黄教的势力范围内，不得不假借“时轮六支”的名义传播如来藏，尽管这样，觉囊派仍然没有避免被五世达赖喇嘛消灭的命运。现代恢复的觉囊派，仅仅是徒有其名而已。