西藏，现在西藏的密教便是全部来源于后期印度坦特罗密教。
西藏密教与唐密，在来源上的不同，所以在本质有截然的不同。

1、缘起的理论不同 唐密是“六大缘起说”藏密各派都是“中道缘起说”。 对世界来源与生来源，这是宗教不能避免回答的问题，正纯密教、唐密的六大缘起说，地、水、火、风、空、识六大缘起众生世间，世间及智正世间（佛菩萨）在毗卢性海的六大结合（三摩地菩提心）所成的众生，怎样由性体变为有质量的个体，怎样由末那（第七识）的五步作用，发展为三细六粗的人，在唐密的学说中，有极其彻底而系统说明的，而且以三摩地菩提心，是可以“证到”的，这是唐密即身成佛说的根据，也是唐密受用身法门，修行仪轨的根据。 西藏密教，不讲“六大缘起”，主要是强调大乘佛教“缘生无性”或“无性缘生”的中道缘起说。认为万物都从缘而生灭。本无自性，“无自性”便是空，而“缘生”便是有，所以万物缘起是空有的统一，显然这是根据胜义菩提心，是未彻底的学说。 按：龙猛菩萨《菩提心论》将菩提心摄而为三，行愿、胜义、和三摩地。胜义菩提心源于无自性，“诸法无相，谓虚空相，作是观己，名胜义菩提心。”这是大乘佛教的学说。“惟真言法中，即身成佛故，是说三摩地法，于诸教中缺而不书。”所以印度后期的左道密教，而今的西藏密只属大乘佛教的一派，唐密才是一乘佛教。 况且，藏密中有几个派别分立，各倡其说，各言其是，互有矛盾，莫终一是，是不符合完整宗教的要求的。
2、教主不同 唐密大日如来为教主，“六大”与“大日如来”互为能生，六大乃大日如来的自性法身或称“法界身。”大日如来将所含的功能性放射于周围而成有规律的排列的36尊佛菩萨，统摄一切佛菩萨而自享法乐。称为金刚持身。等觉菩萨等未达金刚持身，大日如来以中台九圣，胎藏曼荼罗的他受用身摄受十地菩萨，使得“常乐我净”。并以释迦院分摄地前菩萨及天人几夫入菩萨位，唐密对这一切都是可修证到的而且有保证的，大日如来是自证极位，是普门之尊。 印度后期佛教，皆以显教论师传承和宣扬密教。各派所尊各不相同，佛密论师等以释尊为教主，乌仗那国王，因陀罗浦谛自称为释尊直接传承，当然以释尊为教主，而据敦珠活佛著《西藏古代佛教史》记载，无上瑜伽口诀部，其祖师第一代法身佛为普贤王如来，第二代投身佛为即金刚持，并由其传大日如来五方佛，第三代金刚萨埵等，可见是以普贤王如来为教主。而时轮乘则以在释迦之前有本初佛，由此佛生出宇宙一切，所以又以本初佛为教主。这些都传入西藏，而现在藏密各派都不讲教主，而以传入或创始者为尊，如红教尊莲花生，白教尊马尔巴，黄教尊宗喀巴等。 教主乃反映道果的标的，教主不同，表示道果不一。莫终一是。这是反映各得部份功德，未及全面，其中尤其要看清，印度后期密教多袭用正纯密教的名词，但意义不同，如普贤王如来乃正纯密教东方之佛是大日如来的内眷属之一，说他传授五方佛是无论如何说不通的。又“金刚持身”是大日如来的报身（自受用身）中含37尊，而承袭坦特罗密教的藏密，是以唐密佛部，金刚部、宝部、莲花部、羯摩部五部外加金刚持一部。可见说他传大日如来和五方佛分明大错，又按《大日经》有“我一切本初，号名世所依”之语，其中我乃大日如来自称。时轮乘所言本初佛当是暗袭大日如来为教主，但其法并非普门，也非受用身法门。
3、曼荼罗不同 曼荼罗乃主尊将其所含之法界性，释放而排比之，而园轮具足也，主尊之法位愈高，其所含之法界性种类愈多，其曼荼罗愈加殊胜。其中个别佛菩萨之曼荼罗称“别体曼荼罗”各个部部主和的曼荼罗，称部会曼荼罗。比较别体曼荼罗，已殊胜得多，而总体曼荼罗（如金、胎两界曼荼罗）则统摄一切法界性总体，曼荼罗外再无佛和菩萨，再无其他的法，这是最高，最究竟、最有系统、最完整的曼荼罗，所以在曼荼罗中，可以表示主尊的全部法理及其法位，亦即反映该教派的特点及其道果所达的最高程度。唐密具足各种曼荼罗，反映其彻底性，系统性及全面性，所以有普门，俱足一切法门，而藏密无总体曼荼罗，祗有各尊各派的别体和部会曼荼罗，所以藏密只有一门之尊法，而无普门，所以藏密各教派，都没有彻底的教法。 由于藏密各教派，将持一尊，作为终极道果，如大威德法，时轮金刚法等，所以各派教理自有不同，各派各自立说，其说紊乱，莫终一是，即从分派方面看藏密，便非终极之法。 藏密曼荼罗有个特点：就是各派都有最高的双身曼荼罗，反映他们乃以“男女”的“双身法”作为最高教法。
4、具体教法的不同 藏密既然分派，其教法各派自有不同，所以这里只可根据其共同性的和其特别强调的而立论 ⑴藏密有两个特点 一是都从空宗入密，早期的莲花生和后期阿提沙对藏密影响特大。而两人都是从空宗入密。空宗认为一切法无自性，其本性为“空”，所以其教法是从气功入手。从气功中得定。然后进而证空。具体作法是经四灌顶，初瓶灌后，经四加行。规定要五体投地，礼拜十万或几十万次，持师父或主尊名号几千万次或一亿次，持咒几百万次或几千万次等。而转入正行，习生起次而成天身。经密灌而可习男女双身法，经慧灌而修完满次第最后经词灌而授秘诀。如此四灌层次是凭上师教给。不是根据佛德而开显行者功德。所以藏密重视上师法，超过重佛菩萨法。 二是藏密以空乐双运为最高法门，一般都说黄教宗喀巴是藏密的总结整顿者，而宗喀巴的《圣密集五次第论》便是主要解释这一法门，层层深入贯串全篇，其《密宗道次第广论》也是论述这是最高法门，其解释“空”是指“般若的无我智慧”，“方便”是指“大乐”而大乐是男女时“运风入中脉”所生的乐。这个最高法门，从不放弃肉身的乐趣。被称为佛学泰斗的陈健民，还直接提倡说这“五欲粗重之乐”超过东密“常乐我净”之乐，又在《禅海塔灯》中指导人“在开悟后要假装疯癫，不受礼俗的束缚，避免社会的批评，到康藏边界去自有妇人来以身供奉。

所以藏密双身法是百分之百的旁门左道，一向不为中国人所接受。