藏传佛教密宗盛行用人的骨骼制成各种法器。骷髅碗也称人头器，它是密宗修祛者举行灌顶仪式时，在灌顶壶内盛圣水，头器内盛酒，师傅将圣水洒在修行者头上，并让其喝酒，然后授予密法。灌顶的意义是使修行者聪明和冲却一切污秽。

    关于骷髅碗使用，《格萨尔王传》中有记载：格萨尔王在长臂妖魔面前束手无策，后因得到王妃梅萨的帮助，在头盖骨碗里装上毒药水，使命根子海水干枯，用金斧子砍断命根地，用神弓宝箭射死命根子牛，并在妖魔额前水晶小鱼发光时，用箭射中后才将魔国王制伏。然而西藏骷髅碗的使用并非自古以来就是司空见惯的。

    桑耶寺建成后，白若杂那在印度学得密法，返回西藏开始传播。密宗的修行仪式遇到来自贵族的激烈反对，赤松德赞之妃侧绷纱说：“所谓嘎巴拉，就是人的头盖骨；所谓巴苏大就是掏出来的人的内脏；所谓冈凌，就是用人胫骨做的号；……，这不是教法，是从印度进入西藏的罪恶。”这段史料说明当时骷髅碗的使用并非是司空见惯的，它于数百年后在西藏普及是随着密教在西藏的广泛传播而开始风行的，而非土生土长。密宗礼仪中使用骷髅碗的作法传入西藏之前，西藏没有普遍使用骷髅碗。

    在元代，王室对藏传佛教格外偏爱。据说藏僧杨琏真伽曾勾结维吾尔族宰相桑哥盗掘南宋帝后卿相陵寝一百多座，以宋理宗头盖骨奉给帝师为饮器。

    十三世纪中叶，西方人的游记中叙述了西藏天葬和骷髅碗使用的风俗，这段时期，正是藏传佛教大量向中原传播的阶段。

    在明朝，宪宗开始，藏僧受到皇帝的宠信；在北京的市民中间，有些人混入藏僧行列，掘墓发棺将头盖骨等制成骷髅碗具卖给藏僧供修法事之用。说明这段时期藏传佛教中使用骷髅碗已经成为代表性的行为。

    在藏密密续中，关于使用骷髅作法的经文举例如下：

    《大药叉女欢喜母并爱子成就法》中说：

    “又法若欲令彼怨人家惊恐不安者。取髑髅骨一片加持二十一遍或一百八遍。密安彼怨宅内。其家必惊恐不安。凡欲取髑髅骨时。先以真言加持自身二十一遍。即结召印然后取之。密加持用无不应验。若欲却令彼人无恐怖者。诵此真言二十一遍。收取髑髅骨作发遣却送本处。彼家即得无畏。此骨一度用更不堪重用。无验。凡经供养竟食及果子等。一切不得食。令持真言者无效。”

   “又法欲成就役使法者。先持诵真言令功业成已。然后拣取一髑髅。若知此髑髅是了事强干人。必易得成验。先于所见处加持自身。

　　“又以真言加持彼髑髅一百八遍。结请召印召彼。令随密裹将来。先以净水洗又以香水浴。以银为舌于欢喜像前加持一千八十遍。于坛侧以甑盖头。即于其夜自通姓名。或现其身请为给使。从此以后驱使无不应验。疑事问之必能先知。此法极须慎密。若漏泄非但不成亦反招殃咎。凡使髑髅往彼人处。先须料挍前人。彼怨若是持诵金刚部法。或精持禁戒解法人。必不得恼乱反损自身。不尔必效。次说印契。先结请召印。以右手指于左手背叉入。把左手掌。左手向身三招其印相即成。次结降伏印。二手内相叉。二小指相钩。二无名指各左右入虎口。二中指竖合。二头指各捻中指背。二大指各捻中指中节。其印相即成。次结掷恶人印。以右手大指捻无名指甲上每诵真言一遍。一度向彼恶人掷之。其印相即成。”

   “又法若欲降伏怨敌者。书彼怨人名。于持诵者左脚下踏而以励声。忿怒想诵于真言。句中加彼怨人名。诵满十万遍一切怨对无不随顺。”

  《底哩三昧耶不动尊威怒王使者念诵法》中说：“又法以髑髅末干虾蟆末干鱼末。知蜜。烧诵真言加持令彼人断命。”"又法取髑髅细捣为末。加持一千八十遍。涂手触前人即得敬爱。”